La gastrulazione è quel processo dinamico che provoca lo spostamento di territori dell'embrione (territori presuntivi) dalla posizione in cui si trovano nella blastula alla sede in cui andranno incontro al differenziamento, sviluppando i vari organi embrionali. La ridistribuzione dei territori avviene per mezzo di movimenti morfogenetici.
I principali movimenti morfogenetici sono:
Con la gastrulazione il blastocele scompare e si viene a formare una nuova cavità l'archenteron o intestino primitivo, comunicante all'esterno mediante un'apertura, il blastoporo i cui margini sono detti labbri (labbro dorsale, labbro ventrale e labbri laterali).
Come per la segmentazione anche nel caso della gastrulazione la quantità di tuorlo presente nell'uovo ne influenza le modalità di svolgimento.